les biais de nos epidemiologistes

les elements de l'etude des ahutes etudes de santé publique francaise conduisant à evaluer un nombre faramineux de citoyens francais contaminés sont dangereux car ils risquent de faire croire à tort à la fin de l'epidemie de cette année , à la benignité exceptionnelle du virus A H1N1 var pandemique 2009 alors qu'elle est biaisés à deux niveaux
1 le nombre de malade supposés ayant consulté leur medecin generaliste est en contradiction avec le nombre de deces constatés ensuite si l'on se base sur une letalité constante decalée de 12 jours et qui serait proche de 1/10 000 . Le decalage des courbes du nombre de malades consultants pour syndromes grippaux et les malades decedés est d'environ deux semaines confirmant bien le decalage median de 12 jour publié aux USA . Mais le modele de regression periodique de Serfling utilisé n'est pas probant quant au nombre d emalade atteint de la grippe en effet , il meconnait d'autres epidemies d'autres virus et autres bacteries qui ne sont pas constantes chaque année . meme si en moyenne on observe bien la courbe sinusoide . Lorsque l'on se trouve le nez sur la courbe on ne sais pas avec la methode de Serfling si l'exces d'ILI est bien du à la grippe ou à d'autres pathogenes ! cette erreur est trainée par les CDC d'Atlanta et d'Europe et a contaminé l'INVS . Bien entendu le chiffre est aussi proche que possible d ela realité mais s'en eloigne beaucoup et sa precision mathematique est avouée à 95 % dans une fourchette qui va du simple au double et ceci n'est vrai encore que 19 ans sur 20 ! un an sur 20 la precision est encore plus faible !
Ainsi cette année nous beneficions en France d'un double reseau : sentinelles et GROG . le reseau sentinelle sur lequel s'appuie le Pr Flahaut raisonne avec la methode trentenaire de Serfling , et les GROG trainent un probleme de distribution sur le territoire doublé d'une definition differente des cas avec la notion d'ARI (acute respiratory infection ) qui englobe n'importe quelle rhinite .
cependant les GROG disposent de données supplementaires aux sentinelles qui sont les tests aleatoires sur les cas de syndromes grippaux . La positivité des cas augmente avec l'indidence de ceux ci pour deux raisons simples qui tiennent à une meilleure pertinence clinique au fil du temps de l'epidemie (chaque saison ayant ses particularités ) la deuxieme tenant à l'amelioration mathematique de la valeur predictive positive d'un test lorsque l'incidence de la maladie à dépister augmente .ainsi à specificité et sensibilité constante l'expertise clinique du medecin pour determiner chez qui il va prelever augmente mathématiquement .
Apres correction des biais frequents comme une plus grande frequence de faux negatifs en été à cause de la destruction du virus plus important pendant le transport l'été que l'hiver , on peut etablir un calcul simple multipliant le pourcentage de tests positifs par le nombre de syndromes grippaux evalués dans les cabinets sentinelles habilement répartis sur le territoire , afin de determiner un chiffre plus precis du nombre de malades réellement atteints par la grippe A ayant consulté leur medecin generaliste .
Ensuite une enquete téléphonique permet d'apprécier le pourcentage des malades qui ont consulté et ceci par sexe et par tranche d'age parmi ceux qui avaient eu un syndrome grippal pour en deduire . Le nombre de citoyens ayant eu une grippe A H1N1 symptomatique .
ensuite seulement le calcul du Pr Flahaut peut avoir un reel interet à partir de serologies pratiquées pour determiner le pourcentages de citoyens ayant été contaminés par le virus cette année sans avoir été symptomatique .
Une etude peruvienne avait evalué ce pourcentage à 30 % . On serait etonné qu'en France il en fut differemment
L'erreur du Pr Flahaut tient à n'avoir etudié que la seroprevalence à un moment doné et non pas la sero incidence sur plusieurs semaines .
En effet aucune etude ne dit sauf à disposer d'une banque de serum , quel etait la seropositivité A H1N1 avant la pandemie .
Or on a eu la surprise de constater que celle ci etait proche de 30 à 40 % pour les citoyens nés avant 1957 , mais egalement proche de 10 à 15 % pour les citoyens plus jeunes !
Il semble qu'en 1977 et les années suivantes un virus tres proche ait egalement circulé comme entre 1947 et 1956 !
Au total il aurait donc fallu etablir une dynamique de seroprevalence sur plusieurs semaines et verifier que celle ci suit de 15 jours environ celle des cas supposés evalués comme ci-dessus .
Seule le delta differentiel entre quelques semaines permettrait une vraie fraction evaluant en France le nombre de femmes enceintes ayant réelement eu des symptomes .
Mais meme cela ne suffirait pas à en tirer des conclusions au reste de la population , en effet :
On rappelle que la caracteristique de la grossesse et qui en fait un facteur de risque de letalité plus grande pour cette grippe A H1N1 pdm est que le systeme immunitaire est moins reactif dans le but de ne pas rejeter le foetus . Par consequent on n'est pas etonné d'apprendre que les signes manifestant une defense optimale que sont la fievre , la toux manquent au tableau plus souvent dans la grossesse que dans d'autres groupes ! On ne s'etonnera pas que les femmes enceintes aient donc un pourcentage de cas pauci et asymptomatique plus important ne permettant ainsi aucune interpolation rapide à la tranche d'age 20 -39 ans .
par ailleurs le nombre de contamination des femes enceinte est bien superieur à celui des femmes non enceintes pour la simple raison que les femmes steriles n'ont pas d'enfants et que les femmes enceinte ont statistiquement plus d'enfants à la maison en capacité de les infecter que les femmes non enceintes parmi lesquelles la proportion de femme n'ayant eu aucun enfant est plus importante . .
La proportion est à evaluer precisement mais je l'estime de 1,5 à 2 pour corriger les chiffres en consquence et ceci explique pourquoi les odds ratio ont differé au fil de l'epidemie . au debut la proportion de femme enceinte dans le nombre de patients decedés de grippe A etait en moyenne 9 fois superieure à sa frequence dans la population generale autour de 1% et qu'elle est devenue plus proche de 4 ou 5 ensuite . . La simple regression à la moyenne n'est pas la seule explication , il y a aussi le glissement progressif de l'incidence de la grippe vers des tranches d'ages plus elevées .
Pour ma part et selon les calculs . le nombre de citoyens francais ayant été en contact avec le virus à la semaine 47 (pic des grandes metropoles parisienne et lyonnaise ) et 48 pic de la France plus rurale , serait plus proche de 5 millions de malades dont 2 millions seulement ont consulté et de 1 million de malade totalement asymptomatique . On aurait pu verifier cette pertinence en observant que le pic du nombre de deces est intervenu en semaine 49 avec 34 dans la semaine avec 150 deces cumulés ce qui au taux observé de 1/10 000 cas cnilique recensé cadre bien avec 1,5 millions de malades vus avant la semaine 47 .
Ce nombre de deces concentrés essentiellement sur deux mois seulement d'epidemie jusqu'au premier pic laisse augurer d'un nombre de deces sensiblement proche de 300 .ce qui depasse tres largement les mortalités directes par SDRA constatés habituellement en France .
La mortalité totale ne sera connue qu'apres analyse des certificats de deces par l'INSERM mais on sait deja que l'epidemie avec 300 deces au bas mot si nous n'avons pas de deuxieme vague grace à la vaccination et au tamiflu , sera trois fois plus forte qu'en 2006 où seulement 117 deces ont été recensés par les certificats enregistrés soigneusement par le systeme CEPIDC !
la mortalité indirecte quant à elle est interpretée de maniere tres approximative avec la methode Serfling à 6000 en France (et à 36 000 aux USA) car elle melange allegrement pneumonie à pneumocoque , rigueur du froid et de nombreux autres virus tels le VRS , le rhinovirus et d'autres bacteries telles le staphylocoque et l'hemophilus , a été mise en avant au debut dans le but de ne pas effrayer les populations dans des attitudes irrationnelles conduisant à devaliser les stocks pharmaceutiques ou à ne plus mettre ses enfants à l'ecole au cas où aucun vaccin n'ait passé les premieres phases de validation ...
devrait aujourd'hui etre remis en cause au risque de voir se developper un mouvement inverse et ingrat de la population generale qui reclame des explications legitimes sur tant de sacrifices pour si peu de mortalité . En realité la mortalité de la grippe a été divisée par 15 depuis deux inventions : d'une part les antibiotiques actifs contre le pneumocoque son accolyte habituel dans nos poumons , et depuis la generalisation de la vaccination des sujets fragiles ! la grippe faisant entre 100 et 1000 deces par an selon la virulence du virus ou la seroprevalence globale .
Et cette grippe devait si nous n'avions rien fait etre doublement dangereuse parce que la virulence etait particuliere et que le taux de seroprevalence plutot faible meme s'il etait loin d'etre nul et en particulier pour les plus agés .
En 1918 deja certains adultes et avaient été protegés par des epidemies d'avant 1896 . Au total si la mortalité avait été 35 fois superieure à 1915 , elle ne l'avit été que de deux fois pour les plus de 65 ans ce qui à l'epoque faisait beaucoup de mort puisque je le rappelle la saisonniere faisait 15 fois plus de mort qu'aujourd'hui et concernait deja les plus agés (meme si l'age median de deces etait de 10 à 20 ans inferieur à aujourd'hui )